Statens Byggeforskningsinstitut (SBI) undersøgte Sankt Annæ Gymnasium i forbindelse med et undersøgelsesarbejde for Miljøstyrelsen i 2006 -2009. Undersøgelsen påviste PCB i elastiske fuger og i indeluften på gymnasiet.
Københavns Ejendomme fik efterfølgende Golder Associates til i 2009 at udføre supplerende at undersøgelser for PCB på Sankt Annæ Gymnasium, der er opført i 1968.
Der blev udtaget i alt 5 prøver fra repræsentative fugematerialer på gymnasiet. Analyserne viste et PCB-indhold på mellem 2,3-6.369 mg PCB/kg. 4 af 5 prøver viste et indhold over grænseværdien for farligt affald på 50 mg PCB/kg. Den højeste værdi svarer til et PCB-indhold på 0,6%.
Tidligere målinger af PCB i indeluften på gymnasiet havde vist forhøjede PCB-værdier i et enkelt rum. Supplerende målinger viste efterfølgende, at værdien var 235 ng PCB/m3, og dermed under Sundhedsstyrelsens laveste aktionsværdi på 300 ng PCB/m3. Golder Associates vurderede, at de tidligere forhøjede PCB-værdier kunne skyldes at en elektrisk keramikovn, på tidspunktet for den første luftmåling, netop havde været i drift. Keramikovne kan indeholde betydelige mængder af blandt andet PCB, men området er begrænset belyst.
Konklusionen på målinger af PCB i indeluften på gymnasiet, var at værdierne generelt lå under Sundhedsstyrelsens laveste anbefalede aktionsværdi på 300 ng PCB/m3, dermed er uden sundhedsrisiko.
Undtaget herfor var en enkelt måling der viste en let forhøjet værdi på 405 ng PCB/m3. Målingen var fra et mindre lokale, der fungerer som elevrådslokale og øvelokale. Rummets begrænsede størrelse og luftskifte, vurderes at være årsag til den let forhøjede PCB-værdi. Udluftning af rummet, vurderes at reducere værdien til under den laveste anbefalede aktionsværdi.